Peter M. Groen / openbr

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EigenUtils is now a namespace

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Showing 4 changed files with 45 additions and 96 deletions
openbr/core/eigenutils.cpp
  View file @80f91a7
... ... @@ -5,7 +5,7 @@ using namespace Eigen;
5 5 using namespace cv;
6 6  
7 7 //Helper function to quickly write eigen matrix to disk. Not efficient.
8   -void writeEigen(MatrixXf X, QString filename) {
  8 +void EigenUtils::writeEigen(MatrixXf X, QString filename) {
9 9 Mat m(X.rows(),X.cols(),CV_32FC1);
10 10 for (int i = 0; i < X.rows(); i++) {
11 11 for (int j = 0; j < X.cols(); j++) {
... ... @@ -16,7 +16,7 @@ void writeEigen(MatrixXf X, QString filename) {
16 16 format->write(br::Template(m));
17 17 }
18 18  
19   -void writeEigen(MatrixXd X, QString filename) {
  19 +void EigenUtils::writeEigen(MatrixXd X, QString filename) {
20 20 Mat m(X.rows(),X.cols(),CV_32FC1);
21 21 for (int i = 0; i < X.rows(); i++) {
22 22 for (int j = 0; j < X.cols(); j++) {
... ... @@ -27,7 +27,7 @@ void writeEigen(MatrixXd X, QString filename) {
27 27 format->write(br::Template(m));
28 28 }
29 29  
30   -void writeEigen(VectorXd X, QString filename) {
  30 +void EigenUtils::writeEigen(VectorXd X, QString filename) {
31 31 Mat m(X.size(),1,CV_32FC1);
32 32 for (int i = 0; i < X.rows(); i++) {
33 33 m.at<float>(i,0) = (float)X(i);
... ... @@ -36,7 +36,7 @@ void writeEigen(VectorXd X, QString filename) {
36 36 format->write(br::Template(m));
37 37 }
38 38  
39   -void writeEigen(VectorXf X, QString filename) {
  39 +void EigenUtils::writeEigen(VectorXf X, QString filename) {
40 40 Mat m(X.size(),1,CV_32FC1);
41 41 for (int i = 0; i < X.rows(); i++) {
42 42 m.at<float>(i,0) = X(i);
... ... @@ -45,7 +45,7 @@ void writeEigen(VectorXf X, QString filename) {
45 45 format->write(br::Template(m));
46 46 }
47 47  
48   -void printEigen(Eigen::MatrixXd X) {
  48 +void EigenUtils::printEigen(Eigen::MatrixXd X) {
49 49 for (int i = 0; i < X.rows(); i++) {
50 50 QString str;
51 51 for (int j = 0; j < X.cols(); j++) {
... ... @@ -54,7 +54,7 @@ void printEigen(Eigen::MatrixXd X) {
54 54 qDebug() << str;
55 55 }
56 56 }
57   -void printEigen(Eigen::MatrixXf X) {
  57 +void EigenUtils::printEigen(Eigen::MatrixXf X) {
58 58 for (int i = 0; i < X.rows(); i++) {
59 59 QString str;
60 60 for (int j = 0; j < X.cols(); j++) {
... ... @@ -64,20 +64,15 @@ void printEigen(Eigen::MatrixXf X) {
64 64 }
65 65 }
66 66  
67   -void printSize(Eigen::MatrixXf X) {
  67 +void EigenUtils::printSize(Eigen::MatrixXf X) {
68 68 qDebug() << "Rows=" << X.rows() << "\tCols=" << X.cols();
69 69 }
70 70  
71   -float eigMean(const Eigen::MatrixXf& x) {
72   - return x.array().sum() / (x.rows() * x.cols());
  71 +float EigenUtils::eigStd(const Eigen::MatrixXf& x) {
  72 + return sqrt((x.array() - x.mean()).pow(2).sum() / (x.cols() * x.rows()));
73 73 }
74 74  
75   -float eigStd(const Eigen::MatrixXf& x) {
76   - float mean = eigMean(x);
77   - return sqrt((x.array() - mean).pow(2).sum() / (x.cols() * x.rows()));
78   -}
79   -
80   -MatrixXf removeRowCol(const MatrixXf X, int row, int col) {
  75 +MatrixXf EigenUtils::removeRowCol(const MatrixXf X, int row, int col) {
81 76 MatrixXf Y(X.rows() - 1,X.cols() - 1);
82 77  
83 78 for (int i1 = 0, i2 = 0; i1 < X.rows(); i1++) {
... ... @@ -96,7 +91,7 @@ MatrixXf removeRowCol(const MatrixXf X, int row, int col) {
96 91 return Y;
97 92 }
98 93  
99   -MatrixXf pointsToMatrix(const QList<QPointF> points, bool isAffine) {
  94 +MatrixXf EigenUtils::pointsToMatrix(const QList<QPointF> points, bool isAffine) {
100 95 MatrixXf P(points.size(), isAffine ? 3 : 2);
101 96 for (int i = 0; i < points.size(); i++) {
102 97 P(i, 0) = points[i].x();
... ... @@ -107,7 +102,7 @@ MatrixXf pointsToMatrix(const QList&lt;QPointF&gt; points, bool isAffine) {
107 102 return P;
108 103 }
109 104  
110   -QList<QPointF> matrixToPoints(const Eigen::MatrixXf P) {
  105 +QList<QPointF> EigenUtils::matrixToPoints(const Eigen::MatrixXf P) {
111 106 QList<QPointF> points;
112 107 for (int i = 0; i < P.rows(); i++)
113 108 points.append(QPointF(P(i, 0), P(i, 1)));
... ... @@ -115,7 +110,7 @@ QList&lt;QPointF&gt; matrixToPoints(const Eigen::MatrixXf P) {
115 110 }
116 111  
117 112 //Converts x y points in a single vector to two column matrix
118   -Eigen::MatrixXf vectorToMatrix(const Eigen::MatrixXf vector) {
  113 +Eigen::MatrixXf EigenUtils::vectorToMatrix(const Eigen::MatrixXf vector) {
119 114 int n = vector.rows();
120 115 Eigen::MatrixXf matrix(n / 2, 2);
121 116 for (int i = 0; i < n / 2; i++) {
... ... @@ -126,7 +121,7 @@ Eigen::MatrixXf vectorToMatrix(const Eigen::MatrixXf vector) {
126 121 return matrix;
127 122 }
128 123  
129   -Eigen::MatrixXf matrixToVector(const Eigen::MatrixXf matrix) {
  124 +Eigen::MatrixXf EigenUtils::matrixToVector(const Eigen::MatrixXf matrix) {
130 125 int n2 = matrix.rows();
131 126 Eigen::MatrixXf vector(n2 * 2, 1);
132 127 for (int i = 0; i < n2; i++) {
... ... @@ -137,7 +132,7 @@ Eigen::MatrixXf matrixToVector(const Eigen::MatrixXf matrix) {
137 132 return vector;
138 133 }
139 134  
140   -Eigen::MatrixXf toEigen(const Mat m) {
  135 +Eigen::MatrixXf EigenUtils::toEigen(const Mat m) {
141 136 if (m.type() != CV_32F)
142 137 qFatal("Mat to Eigen Converstation only supports CV_32F");
143 138  
... ...
openbr/core/eigenutils.h
  View file @80f91a7
... ... @@ -23,27 +23,33 @@
23 23  
24 24 #include <opencv2/core/core.hpp>
25 25  
26   -void writeEigen(Eigen::MatrixXf X, QString filename);
27   -void writeEigen(Eigen::MatrixXd X, QString filename);
28   -void writeEigen(Eigen::VectorXd X, QString filename);
29   -void writeEigen(Eigen::VectorXf X, QString filename);
30   -void printEigen(Eigen::MatrixXd X);
31   -void printEigen(Eigen::MatrixXf X);
32   -void printSize(Eigen::MatrixXf X);
33   -
34   -//Converts x y points in a single vector to two column matrix
35   -Eigen::MatrixXf vectorToMatrix(const Eigen::MatrixXf vector);
36   -Eigen::MatrixXf matrixToVector(const Eigen::MatrixXf matrix);
37   -
38   -//Remove row and column from the matrix:
39   -Eigen::MatrixXf removeRowCol(const Eigen::MatrixXf X, int row, int col);
40   -
41   -//Convert a point list into a matrix:
42   -Eigen::MatrixXf pointsToMatrix(const QList<QPointF> points, bool isAffine=false);
43   -QList<QPointF> matrixToPoints(const Eigen::MatrixXf P);
44   -
45   -//Convert cv::Mat to Eigen
46   -Eigen::MatrixXf toEigen(const cv::Mat m);
  26 +namespace EigenUtils
  27 +{
  28 + void writeEigen(Eigen::MatrixXf X, QString filename);
  29 + void writeEigen(Eigen::MatrixXd X, QString filename);
  30 + void writeEigen(Eigen::VectorXd X, QString filename);
  31 + void writeEigen(Eigen::VectorXf X, QString filename);
  32 + void printEigen(Eigen::MatrixXd X);
  33 + void printEigen(Eigen::MatrixXf X);
  34 + void printSize(Eigen::MatrixXf X);
  35 +
  36 + // Converts x y points in a single vector to two column matrix
  37 + Eigen::MatrixXf vectorToMatrix(const Eigen::MatrixXf vector);
  38 + Eigen::MatrixXf matrixToVector(const Eigen::MatrixXf matrix);
  39 +
  40 + // Remove row and column from the matrix:
  41 + Eigen::MatrixXf removeRowCol(const Eigen::MatrixXf X, int row, int col);
  42 +
  43 + // Convert a point list into a matrix:
  44 + Eigen::MatrixXf pointsToMatrix(const QList<QPointF> points, bool isAffine=false);
  45 + QList<QPointF> matrixToPoints(const Eigen::MatrixXf P);
  46 +
  47 + // Compute the element-wise standard deviation
  48 + float eigStd(const Eigen::MatrixXf& x);
  49 +
  50 + // Convert cv::Mat to Eigen
  51 + Eigen::MatrixXf toEigen(const cv::Mat m);
  52 +}
47 53  
48 54 template<typename _Scalar, int _Rows, int _Cols, int _Options, int _MaxRows, int _MaxCols>
49 55 inline QDataStream &operator<<(QDataStream &stream, const Eigen::Matrix< _Scalar, _Rows, _Cols, _Options, _MaxRows, _MaxCols > &mat)
... ... @@ -83,56 +89,4 @@ inline QDataStream &amp;operator&gt;&gt;(QDataStream &amp;stream, Eigen::Matrix&lt; _Scalar, _Row
83 89 return stream;
84 90 }
85 91  
86   -/*Compute the mean of the each column (dim == 1) or row (dim == 2)
87   - of the matrix*/
88   -template<typename T>
89   -Eigen::MatrixBase<T> eigMean(const Eigen::MatrixBase<T>& x,int dim)
90   -{
91   - if (dim == 1) {
92   - Eigen::MatrixBase<T> y(1,x.cols());
93   - for (int i = 0; i < x.cols(); i++)
94   - y(i) = x.col(i).sum() / x.rows();
95   - return y;
96   - } else if (dim == 2) {
97   - Eigen::MatrixBase<T> y(x.rows(),1);
98   - for (int i = 0; i < x.rows(); i++)
99   - y(i) = x.row(i).sum() / x.cols();
100   - return y;
101   - }
102   - qFatal("A matrix can only have two dimensions");
103   -}
104   -
105   -/*Compute the element-wise mean*/
106   -float eigMean(const Eigen::MatrixXf& x);
107   -/*Compute the element-wise mean*/
108   -float eigStd(const Eigen::MatrixXf& x);
109   -
110   -/*Compute the std dev of the each column (dim == 1) or row (dim == 2)
111   - of the matrix*/
112   -template<typename T>
113   -Eigen::MatrixBase<T> eigStd(const Eigen::MatrixBase<T>& x,int dim)
114   -{
115   - Eigen::MatrixBase<T> mean = eigMean(x, dim);
116   - if (dim == 1) {
117   - Eigen::MatrixBase<T> y(1,x.cols());
118   - for (int i = 0; i < x.cols(); i++) {
119   - T value = 0;
120   - for (int j = 0; j < x.rows(); j++)
121   - value += pow(y(j, i) - mean(i), 2);
122   - y(i) = sqrt(value / (x.rows() - 1));
123   - }
124   - return y;
125   - } else if (dim == 2) {
126   - Eigen::MatrixBase<T> y(x.rows(),1);
127   - for (int i = 0; i < x.rows(); i++) {
128   - T value = 0;
129   - for (int j = 0; j < x.cols(); j++)
130   - value += pow(y(i, j) - mean(j), 2);
131   - y(i) = sqrt(value / (x.cols() - 1));
132   - }
133   - return y;
134   - }
135   - qFatal("A matrix can only have two dimensions");
136   -}
137   -
138 92 #endif // EIGENUTILS_H
... ...
openbr/plugins/eigen3.cpp
  View file @80f91a7
... ... @@ -600,7 +600,7 @@ class SparseLDATransform : public Transform
600 600  
601 601 //Only works on binary class problems for now
602 602 assert(ldaOrig.projection.cols() == 1);
603   - float ldaStd = eigStd(ldaOrig.projection);
  603 + float ldaStd = EigenUtils::eigStd(ldaOrig.projection);
604 604 for (int i = 0; i < ldaOrig.projection.rows(); i++)
605 605 if (abs(ldaOrig.projection(i)) > varThreshold * ldaStd)
606 606 selections.append(i);
... ...
openbr/plugins/stasm4.cpp
  View file @80f91a7
... ... @@ -180,7 +180,7 @@ private:
180 180 void project(const Template &src, Template &dst) const
181 181 {
182 182 QList<float> paramList = src.file.getList<float>("affineParameters");
183   - Eigen::MatrixXf points = pointsToMatrix(src.file.points(), true);
  183 + Eigen::MatrixXf points = EigenUtils::pointsToMatrix(src.file.points(), true);
184 184 Eigen::MatrixXf affine = Eigen::MatrixXf::Zero(3, 3);
185 185 for (int i = 0, cnt = 0; i < 2; i++)
186 186 for (int j = 0; j < 3; j++, cnt++)
... ... @@ -192,7 +192,7 @@ private:
192 192 points = affineInv * pointsT;
193 193 dst = src;
194 194 dst.file.clearPoints();
195   - dst.file.setPoints(matrixToPoints(points.transpose()));
  195 + dst.file.setPoints(EigenUtils::matrixToPoints(points.transpose()));
196 196 }
197 197 };
198 198  
... ...